Ačkoli se v důsledku nepříznivého počasí v roce 2006 (vleklá zima, suché léto) zdálo, že dojde k hlubokému propadu návštěvnosti oproti rekordnímu roku 2005 (1.2 milionu osob), atraktivita zahrady, množství narozených mláďat i příjemný podzim nakonec přilákaly do pražské zoo druhou největší návštěvnost v její historii - 1 112 830 lidí.

Z rekapitulace návštěvnosti 2006 vybíráme tyto nejzajímavější údaje:

Počet návštěvníků	1 112 830 osob
Příjem ze vstupného	71 167 597,- Kč
Nejnavštívenější den 7.5.    absolutní denní rekord 1.6.2002	15 321 osob 16 067 osob
Nejméně navštívený den 12.12.	141 osob
Nejnavštěvovanější měsíc srpen	189 312 osob
Nejméně navštívený měsíc leden	19 152 osob
Počet psích návštěvníků	10 030 psů
Návštěvnost nočních prohlídek	2 718 osob
Počet prodaných ročních vstupenek	5 079 vstupenek

Novinkou v systému vstupenek bylo zavedení Trojské karty, což je společný projekt tří příspěvkových organizací hlavního města Prahy - zoo, botanické zahrady a Galerie HMP - Trojského zámku. Celkově bylo zakoupeno 50 711 Trojských karet, na něž bylo realizováno 123 769 jednotlivých návštěv zoo, botanické zahrady či Trojského zámku. Jedna zakoupená Trojská karta tak byla v průměru využita 2,5x. Celkem bylo za prodej Trojské karty ve všech 3 institucích utrženo 6 338 778 Kč.