Plemenné knihy mohou být mezinárodní – pak zahrnují údaje od chovatelských institucí celého světa – nebo regionální. V případě evropských zahrad je takovou regionální knihou Evropská plemenná kniha (European Studbook – ESB). Ta je z hlediska koordinace chovu jednotlivých druhů jakýmsi předstupněm Evropského záchovného programu (EEP).

Na rozdíl od koordinátora chovu, při monitoringu příslušný orgán neřídí vedoucí Evropské plemenné knihy chov druhu v jednotlivých zoo, ale pouze ho sleduje. Na požádání však může zahradám poradit s přesunem zvířat nebo jejich spárováním. Teprve pokud vedoucí plemenné knihy na základě shromažďovaných údajů usoudí, že je pro uchování zdravé populace potřebná větší kontrola chovu a jeho centrální řízení, navrhne přesunutí druhu do EEP. K jednomu takovému přesunu došlo například v roce 2012 u supů mrchožravých, když byla pražská zoo (do té doby spravující plemennou knihu supů) pověřena koordinací chovu druhu v rámci Evropského záchovného programu.

Kdo Evropskou plemennou knihu pro ten který druh povede a zda bude vůbec vedena, určují odborné komise (RSP – Regional Species Plan) Evropské asociace zoologických zahrad – tzv. Taxon Advisory Group. Definitivní schválení potom ještě provádí výkonný orgán asociace – EAZA Office. Přitom není stěžejní kdo kolik zvířat vlastní, ale především na tom, zda má schopnosti a podmínky k dlouhodobému zdárnému vedení plemenné knihy.

Plemenná kniha je nástroj, který pomáhá řídit chov určitého druhu zvířete. Proto se může stát, že je chovatelská instituce úspěšná v rozmnožování určitého druhu, ale protože tento druh nikdo jiný nerozmnožuje, není vedena ani plemenná kniha. To je případ dracén krokodýlovitá, které pražská zoo úspěšně rozmnožuje, a přece nevede jejich plemennou knihu. Kde není žádný chov, není potřeba jeho řízení.

Pražská zoo vede:

EEP

• Kůň Převalského (Equus przewalskii) – ISB mezinárodní plemenná kniha
• Želva obrovká (Geochelone gigantea)
• Želva amboinská (Cuora amboinensis)
• Sup mrchožravý (Neophron percnopterus)
• Bažant Edwardsův (Lophura edwardsi)
• Komba ušatá (Galago senegalensis)
• Bataguři (Batagur complex)
• Orlície bornejská (Orlitia borneensis)
• Muntžak malý (Muntiacus reevesi)
• Přímorožec beisa (Oryx beisa)
• Varanovec bornejský (Lanthanotus borneensis)

ESB

• Krokodýl kubánský (Crocodylus rhombifer)
• Hroznýšovec kubánský (Epicrates angulifer)
• Gaviál indický (Gavialis gangeticus)
• Želva černavá (Heosemys grandis)
• Satyr Cabotův (Tragopan caboti)
• Velemyš obláčková (Phloeomys pallidus)
• Velemyš největší (Phloeomys cumingi)