Zoo Praha – a konkrétně její tehdejší ředitel Bohumil Král – byla v 90. letech u založení této organizace. V roce 2009, kdy byl ředitelem Zoo Praha Petr Fejk, z ní však vystoupila.

Prezidentem UCSZOO byl tehdy Vladislav Jiroušek, který po změně vedení Zoo Praha usiloval o její návrat. K němu v roce 2010 skutečně došlo.

Po opakovaných změnách ve vedení UCSZOO a nejrůznějších vnitřních neshodách situace znovu eskalovala na jaře 2022. Tehdy z UCSZOO vystoupil nejprve Safari Park Dvůr Králové a po něm Zoo Zlín, tedy dvě z nejvýznamnějších zoologických zahrad v ČR. Po dalším období, kdy se nedařilo ani svolat jednání o nastalé situaci a dalším směřování UCSZOO, z ní vystoupila také Zoo Praha. Písemně však deklarovala svou vůli pokračovat v práci odborných komisí.

Odborné komise UCSZOO jsou zaměřeny na chov různých skupin zvířat a chovatelé na nich sdílejí své zkušenosti. Pozice pracovníků Zoo Praha v těchto komisích byla velmi významná. Bohužel Rada UCSZOO na počátku roku 2023 rozhodla o odvolání vedoucích komisí ze Zoo Praha z jejich funkcí. Současně Rada USCZOO uvedla, že následně stanoví podmínky pro účast zaměstnanců nečlenských zoo v těchto komisích. To se však bohužel ani po několika měsících nestalo.

Navzdory všem uvedeným skutečnostem Zoo Praha nadále s naprostou většinou členských zoologických zahrad UCSZOO spolupracuje. Po svém vystoupení se však více orientuje na práci v Evropské asociaci zoologických zahrad a akvárií (EAZA), která je pro práci a rozvoj zoologických zahrad zásadní.